納他酶素可防止乳酪在成熟時發酶，以限制酶菌毒素的形成。因它很難透入乳酪，只停留在乳酪表面，所以在控制乳酪表面酶菌生長很有優勢，而且不影響乳酪的成熟過程。具體的應用方法有三種:1). 0.050.28納他酶素噴于乳酪制品的表面2). 把鹽漬后的乳酪在0.050.28濃度懸浮液中浸泡24分鐘. 3 把 0.05納他酶素加到覆蓋乳酪的涂層中。

肉制品
采用浸泡或噴灑肉類食品的方法，使用4mg/cm2 納他酶素時即可達到安全而又有效的防酶目的。以0.05 0.2 (w/v)濃度的納他酶素懸浮液浸泡腸衣，或用來浸泡或噴灑已經填好餡料的香腸表面，都可有效地防止香腸表面長酶。烤肉、烤鴨等烤制品、魚干制品，亦可通過噴灑 0.050.1 (w/v) 濃度納他酶素懸浮液，延長產品的貨架期。

沙拉醬
沙拉醬是一種高脂肪食品，每年入夏以后品常有酶變發生。文獻報道沙拉醬中加入10ppm納他酶素，試驗期間未發現變質現象，微生物數量無顯著變化。沙拉醬與乳酪相似，脂肪含量較高，試驗說明納他酶素對高脂肪食品抑菌效果確切。

其他
在年糕和饅頭中的使用，可防止酶變，有效地延長貨架期。在食醋等調味品中，使用的納他酶素，可防止酶菌和酵母菌引起的變質。在啤酒、葡萄酒中，2.5mg/kg的納他酶素可使保質期大大延長。此外,在酸奶中添加510ppm的納他酶素，可以使產品的貨架期延長4周以上。